El Consejo de la Judicatura Federal, que supervisa el trabajo de los jueces en el país, informó que Guzmán fue notificado de la decisión.
Este es uno de dos procesos penales abiertos hasta ahora con el hombre considerado líder máximo del cartel de las drogas de Sinaloa.
La Judicatura notificó la víspera que otro juez debe decidir aún sobre si inicia otro proceso penal por crimen organizado y tráfico de cocaína.
Guzmán tiene tres días hábiles para apelar la decisión del juez, añadió la judicatura.
“El Chapo” fue detenido el sábado en un condominio en el balneario turístico mexicano de Mazatlán con lo que terminó una cacería de 13 años contra, quien fuera considerado por autoridades como el capo más poderoso del mundo.
El inicio del proceso penal hace imposible una extradición rápida a Estados Unidos, donde es requerido en al menos siete tribunales.
El gobierno ha dicho que hasta ahora no ha recibido ninguna petición de extradición a Estados Unidos.
Altos funcionarios han dicho que antes de considerar la extradición, esperan que Guzmán enfrente todas las acusaciones en el país y que sea sujeto a interrogatorios por parte de autoridades mexicanas para obtener información que permita desmantelar el cartel de Sinaloa, el principal grupo del narcotráfico en México, y que se ha extendido a una docena de otros países.