El incidente se registró alrededor de las 07:00 hora local (15:00 GMT), en un área montañosa a unos 20 kilómetros de la frontera de México con Estados Unidos, en la Mesa de Otay.
El agente, que según la Patrulla Fronteriza recibió el impacto de una piedra en el rostro, hirió de un disparo a su agresor, indicó Glenn Giannantonio, del Departamento del Sheriff del Condado de San Diego (SDCSD, por sus siglas en inglés).
El oficial, al que las autoridades no han identificado, fue atendido por heridas leves.
La policía detuvo a otros dos indocumentados en relación con el incidente, registrado unos 10 kilómetros al este de Paseo de la Fuente y Alta Road, señaló por su parte el teniente Jason Vickery, de SDCSD.
El Departamento del Sheriff inició una investigación por el tiroteo.
Un reporte del Departamento de Seguridad Interna (DHS) de Estados Unidos, divulgado en septiembre pasado, reveló que agentes de la Patrulla Fronteriza han estado involucrados en más de 20 tiroteos fatales desde 2010, incluidos cuatro en San Diego.